Droplet Digital PCR (ddPCR)

Le Droplet Digital PCR (ddPCR) permet de réaliser des PCR digitales basées sur la génération de gouttelettes pour obtenir une quantification absolue des ADN ou ARN.

Présentation

Cette PCR est basée sur une technologie micro fluidique de gouttelettes en émulsion eau-huile. Chaque échantillon est partitionné en 20.000 gouttelettes qui seront amplifiées par PCR, puis chaque gouttelette est analysée afin de permettre une quantification absolue du nombre de copies par microlitre.

Cette technique permet une quantification absolue de l’échantillon, sans référence à une courbe standard, plus sensible (permet l’étude de mutants rares) et plus précise que la qPCR

Ainsi, cette technique permet la recherche de variants rares, l’étude des variations du nombre de copies (CNV) ou d’expression génique, possible aussi à partir d’une cellule unique (single cell).

La plateforme iGenSeq de l’Institut du Cerveau (Paris) propose l’intégralité des étapes de ddPCR sur ADN ou ARN, avec un équipement complet de la société . Ces appareils sont disponibles pour des prestations ou la mise à disposition (après formation) et la réservation se fait sur Iris (ddPCR).

Le Système Bio-Rad dont dispose la plateforme est composé des modules suivants :

Générateur de droplet automatisé (Bio-Rad)

L’autoDG partitionne les échantillons en gouttelette. Il permet de générer 96 réactions en moins de 45 minutes. Une fois charger et lancer l’appareil il sera automne (aucune aide requis).
Disponible pour les prestations ou en mise à disposition après formation.

Thermocycleur C1000 (Bio-Rad) 

PCR en plaque 96 puits. Disponible pour les prestations ou en mise à disposition, la réservation se fait sur Iris (ddPCR).

Lecteur de droplet QX200 (Bio-Rad)

Analyse de chaque gouttelette, avec un système de détection (FAM et HEX ou VIC) permettant une analyse multiplexée.