FAQ

Préparer la prestation​

Demande de prestation​

À qui dois-je m’adresser pour demander une prestation ?​

Yannick MARIE, responsable opérationnel de la plateforme iGenSeq, vous accompagne dans la définition de votre projet et l’élaboration d’un devis personnalisé.​

Pour toute demande de prestation ou d’information complémentaire, vous pouvez nous contacter :​

E-mail : igenseq@icm-institute.org​

Téléphone : +33 (0)1 57 27 40 10​

Formulaire de contact​

Délais​

Quels sont les délais moyens de réalisation de la prestation ?​

Le délai moyen de réalisation d’une prestation est estimé entre 3 et 4 semaines.​

Ce délai peut varier en fonction du nombre d’échantillons à traiter, de la complexité et des spécificités de votre projet.​

Projet original​

Mon projet nécessite une approche particulière. Est-il possible de le réaliser ?​

La plateforme iGenSeq étudie également les demandes nécessitant des approches expérimentales spécifiques ou sortant du cadre des prestations habituelles.​

Nous vous invitons à contacter Yannick MARIE, responsable opérationnel de la plateforme, afin de discuter de vos besoins et d’évaluer la faisabilité de votre projet.​

Analyse des données​

Comment puis-je analyser mes données de séquençage ?​

La plateforme iGenSeq réalise les prestations de séquençage et met à votre disposition les données générées, sans effectuer leur analyse bioinformatique.​​

Pour l’analyse de vos données, deux possibilités s’offrent à vous :​

• Faire appel à la plateforme de bio-informatique Data Analysis Core (DAC) de l’Institut du Cerveau. Nous vous recommandons de prendre contact avec cette plateforme avant la réalisation du séquençage afin de définir vos besoins et les modalités de la prestation d’analyse.​
• Réaliser vos analyses bio-informatiques par vos propres moyens. Les données brutes de séquençage vous sont alors fournies au format FASTQ.​

Mon projet évolue …​

Comment faire si mon projet évolue et qu’il ne correspond plus au devis initial ?​

Si votre projet évolue ou nécessite des modifications par rapport au devis initial, nous vous invitons à​

contacter la plateforme à l’adresse igenseq@icm-institute.org.​

Nous étudierons les changements demandés afin d’établir, si nécessaire, un nouveau devis adapté à vos besoins.​

​Passer commande​

Comment procéder pour valider une commande ?​

Après réception et acceptation de votre devis, vous devez transmettre le bon de commande correspondant, en précisant le numéro du devis concerné, à l’adresse suivante :​ igenseq@icm-institute.org​

Utilisation des équipements​

Comment accéder aux équipements mis à disposition par la plateforme ?​

La plateforme iGenSeq propose la mise à disposition de certains de ses équipements, sous réserve des​ conditions d’utilisation propres à chaque appareil.​

Pour en bénéficier, nous vous invitons à vous rendre directement sur la plateforme, située au 2ᵉ étage de l’Institut du Cerveau, à Paris.​

Le personnel de la plateforme vous présentera les équipements disponibles et leurs modalités d’utilisation. Une formation préalable peut être nécessaire avant toute utilisation en autonomie.​

Comment réserver un équipement ?​​

Les modalités de réservation varient selon les équipements.​​

Certains appareils peuvent être réservés directement via la plateforme IRIS, tandis que d’autres nécessitent une réservation sur place ou sont accessibles sans réservation préalable.​

Nous vous invitons à consulter les informations spécifiques à chaque équipement ou à contacter le personnel d’iGenSeq pour connaître les modalités de réservation.​

Qualité ADN​

Comment vérifier la qualité de mes échantillons d’ADN ?​​

Afin de garantir la qualité du séquençage, deux contrôles complémentaires sont indispensables :​​

• Contrôle quantitatif : mesure de la concentration de l’ADN double brin à l’aide d’un fluorimètre (Qubit ou DeNovix). Une mesure au spectrophotomètre NanoDrop peut également être réalisée pour évaluer la quantité et la pureté de l’échantillon.​
• Contrôle qualitatif : évaluation de l’intégrité et de la taille des fragments d’ADN par électrophorèse sur gel d’agarose ou à l’aide d’un système d’électrophorèse automatisée.​

Qualité ARN​

Comment vérifier la qualité de mes échantillons d’ARN ?​​

Pour assurer des résultats de séquençage fiables, deux contrôles complémentaires sont indispensables :​

• Contrôle quantitatif : mesure de la concentration de l’ARN à l’aide d’un fluorimètre (Qubit ou DeNovix). Un spectrophotomètre NanoDrop peut également être utilisé pour évaluer la concentration et la pureté de l’échantillon.​
• Contrôle qualitatif : évaluation de l’intégrité de l’ARN par électrophorèse sur gel d’agarose ou à l’aide d’un système d’électrophorèse automatisée (Bioanalyzer ou TapeStation).​

Quantité à fournir​

Quelle quantité et quel volume d’échantillons dois-je fournir ?​

Les recommandations relatives à la qualité, à la quantité et au volume des échantillons varient selon le type de prestation et les méthodes de préparation des librairies utilisées.​

Ces informations sont détaillées dans notre documentation :​

Télécharger le guide de préparation et d’envoi des échantillons​

Avant tout envoi, nous vous invitons à vérifier que vos échantillons respectent les critères définis dans ce​

document et les exigences spécifiques à la prestation indiquée dans votre devis.​

Le respect de ces recommandations contribue au bon déroulement des analyses et à l’obtention de données de séquençage de qualité.​​

Important : Dans la mesure du possible, veillez à fournir des échantillons présentant des concentrations et des volumes homogènes au sein d’un même projet, afin de faciliter leur traitement dans des conditions expérimentales comparables.

Mode d’envoi​

Comment et où envoyer mes échantillons ?​​

Avant tout envoi, nous vous invitons à effectuer un contrôle qualitatif et quantitatif de vos échantillons et à vérifier qu’ils respectent les recommandations relatives à la quantité et au volume requis pour chaque type de prestation.​

Ces informations sont disponibles dans notre guide de préparation et d’envoi des échantillons. Chaque envoi doit être accompagné d’un document récapitulatif précisant les informations suivantes :​

• Le nom ou l’identifiant de chaque échantillon, identique à celui indiqué sur les tubes.​
• La position de chaque échantillon dans la plaque, le cas échéant.​
• La concentration, le volume et la quantité totale de chaque échantillon.​

Important : Merci de nous contacter avant tout envoi afin de nous permettre de planifier votre prestation et d’anticiper, si nécessaire, la commande des réactifs. Cette démarche contribue à optimiser les délais de réalisation de votre projet.

Adresse d’envoi des échantillons​

Plateforme iGenSeq, 2ᵉ étage Institut du Cerveau (ICM) Hôpital de la Pitié-Salpêtrière 47 bd de l’Hôpital​

CS21414​

75646 Paris Cedex 13​​