regroupant 10 plateformes technologiques de pointe
Dotée d’une expertise développée depuis 2011, la plateforme met à disposition différentes méthodes de préparation de librairies adaptées aux besoins des projets de recherche et aux caractéristiques des échantillons.
Séquençage des ARN messagers (mRNA-seq)
La plateforme iGenSeq propose différentes solutions de séquençage des ARN messagers (ARNm), adaptées à la quantité et à la qualité de l’ARN disponible.
Le kit Illumina Stranded mRNA Prep est utilisé en routine pour la préparation des librairies d’ARNm. Pour les échantillons présentant de faibles quantités d’ARN ou nécessitant des approches spécifiques, d’autres kits de préparation peuvent être proposés en fonction des besoins du projet.
Séquençage d’ARN dégradés ou issus de tissus FFPE
La plateforme iGenSeq propose des solutions de séquençage d’ARN dégradés, notamment pour les échantillons issus de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) ou obtenus par microdissection laser.
Deux approches de préparation des librairies sont disponibles, selon la qualité et la quantité d’ARN récupéré, afin d’adapter la stratégie de séquençage aux caractéristiques des échantillons.
Séquençage d’ARN avec déplétion des globines et des ARN ribosomaux
Les échantillons issus de prélèvements sanguins peuvent contenir une quantité importante d’ARN messagers de globines, susceptible de limiter la détection des autres transcrits lors du séquençage.
Pour optimiser l’analyse de ces échantillons, la plateforme iGenSeq propose une étape de déplétion des ARN de globines, associée à l’élimination des ARN ribosomaux (ARNr).
Cette approche permet d’enrichir les librairies en transcrits d’intérêt, notamment en ARN longs non codants (lncRNA) dépourvus de queue poly(A), qui ne sont pas capturés par les méthodes classiques de sélection des ARN polyadénylés.
Séquençage des petits ARN (small RNA-seq)
La plateforme iGenSeq propose également des solutions de séquençage de petits ARN (small RNA-seq), adaptées à l’étude de microARN et d’autres espèces d’ARN courts en fonction des besoins du projet.
